社内環境や人間関係ももちろん大切ですが、
ひょっとしたら「将来」が見えづらくなっていることに原因があるかもしれません。

きちんとした人事評価制度を導入することで、3年、5年、さらにその先のキャリヤやビジョンを見えるようにすることが大切です。
また賞与の評価項目や支給基準を明確にして、中期的なインセンティブを与えると同時に、退職金制度を導入して、在籍年数に応じた長期的インセンティブを図ります。退職金の原資がない、用意するのが難しい場合は、企業型DC（確定拠出年金・401ｋ）制度を導入することで、退職金に代わる新たな福利厚生制度入れることも方法です。TLCCでは退職金制度の構築、企業型DCの導入をサポートいたします。

副業、兼業、ダブルワークについては、国の政策とも相まって、
全体的に認める方向にシフトしつつあるというのが現状です。

ただし生活のために収入を増やしたいという目的に寄りすぎると、無理な労働時間になって健康を害す恐れがあるので、あくまでも会社としては、従業員の社会人としての知見・能力の向上を目的として許可するものとされた方が良いと思います。
従業員が社外から、新たな知識・情報や人脈を入れることで、結果をして事業機会の拡大にもつながります。
注意点として、従業員の労働時間が長くなりすぎないよう、副業の許可は会社の休日のみとすることや、情報漏洩の観点から秘密保持や競業避止義務を課しておかれることを、お勧めします。

タイムカードやICカードを使用して勤怠管理を行っているのであれば、
やはりそこに記録された時間が労働時間とみなされることになります。

そこで残業時間に関しては、従業員に事前申請・事後承認を徹底させることが重要です。既に行っている場合は、それが形骸化していないか確認してください（例：上司の机の上に、部下の申請・承認書が滞積していて、給与締日前にまとめて押印しているなど）。
そして、申請時間が実労働時間と乖離していないか、どのような理由で残業を必要とし、結果どれだけの業務を行ったのか、上司・会社がきちんと管理します。確認が取れない労働時間については、従業員に説明を求めます。
きちんと説明ができない時間については、残業時間として承認する必要はありません。多少手間であっても、この運用を徹底させることで、本当に必要な残業だけが行われる流れに変わっていくと思います。